肛隐窝位于齿线附近，肛门瓣与肛柱底部之间，直肠粘膜与肛管皮肤融合形成的许多小窝。

一般情况下，排便时肛隐窝呈闭合状态，粪便不能进入。腹泻时，稀便容易进入并积存，在细菌作用下可导致肛隐窝炎的发生。多半数的肛隐窝内存在肛腺，肛隐窝内容易积存感染物质，刺激使肛腺开口扩张、松弛，失去收缩力。外界病菌即可乘虚而入进入肛腺管，引起肛腺炎。肛腺感染可沿着导管蔓延形成肛周脓肿，最后形成肛瘘。