小儿肺栓塞一般情况下不吃药治疗，因为小儿肺栓塞是非常严重的疾病，会导致肺部血流明显下降，从而出现严重的低氧血症，甚至还可能会出现的肺动脉高压、心力衰竭以及心肌梗塞等。

一般是通过静脉使用抗凝的药物，或者使用溶栓的药物进行治疗，必要时还需要及时进行介入手术治疗。

如果是由于先天性心脏病导致，必要时还需要及时进行心脏的手术治疗，进行治疗后需要注意观察低氧血症，以及胸痛的缓解情况。