小儿肺栓塞有可能会出现并发症。主要是出现严重的低氧血症，从而导致呼吸衰竭、心力衰竭，甚至还可能会出现肺动脉高压。部分栓子脱落，还可能会导致心肌梗死、脑梗塞，甚至出现危及生命的情况。

小儿肺栓塞建议及时进行干预处理，主要是及时进行溶栓治疗，必要时进行呼吸机辅助呼吸，甚至是进行手术治疗。

部分小儿肺栓塞可能会出现DIC，所以必要时还需要输注血浆等进行止血治疗，需要注意观察病情。