淋球菌性肛门直肠炎主要做三方面的检查：

首先，要对患者发病部位进行体格检查，可以对患者肛门部位进行观察，同时进行直肠指诊，了解患者直肠内部情况，对其它疾病进行鉴别诊断。

其次，需要做实验检查，需要做粪便常规检查，同时进行粪便常规涂片检查，还需要做大便内分泌物的细菌培养。

第三，需要对患者进行内镜检查，患者可以行直肠镜或肛门镜检查，可以更加直观的对患者肛门直肠部位进行详细观察，了解具体的病变和严重程度。