宝宝发烧眼睛疼可以采用以下方法进行处理：

1.宝宝发烧的时候导致眼睛疼，可能是因为发烧的时候体内血液循环速度加快，从而引起眼部不适。对于这种情况需要积极进行降温处理，如果体温低于38.5℃，以物理降温为主。如果高于38.5℃，需要配合药物进行退烧治疗，等到体温下降以后，眼睛疼痛的症状也会得到改善。

2.宝宝发烧眼睛疼痛，可能是因为发烧引发结膜炎，从而导致眼睛不舒服，一般还会伴随着流眼泪、畏光和分泌物增多的症状。对于这种情况可以适当采用一些滴眼液进行治疗，比如氯霉素眼药水，同时配合抗生素类和清热解毒的药物进行治疗。