交叉性异位肾一般无明显症状，一般不会对身体构成影响或出现威胁患者生命的情况，其治疗方式主要为手术治疗，针对出现的症状及并发症治疗。

当无明显症状的患者可保守治疗观察，每年注意复查。当患者有输尿管梗阻的情况时，一般伴随肾积水，出现尿路感染或结石形成，可因肾积水导致肾功能减退。

单纯肾积水可长期留置输尿管双J管或肾造瘘术，大约1/3有症状的患者，最终需要手术取出结石，中药治疗对于部分并发症的治疗如排石可有效果。