交叉性异位肾一般无明显症状，一般不会对身体构成影响或出现威胁患者生命的情况。所以，无明显症状的患者可保守治疗观察，每年注意复查。

当患者有输尿管梗阻的情况时，一般伴随肾积水，容易产生尿路感染或结石形成，可因肾积水导致肾功能减退。

单纯肾积水可长期留置输尿管双J管或肾造瘘术，大约1/3有症状的患者最终需要手术取出结石，常采用体外震波碎石、输尿管镜，包括硬镜和软镜，和经皮肾镜碎石。