早上起来喉咙里有痰的原因有以下几点：

1.过敏性鼻炎。此病与个人体质和接触环境中的变应原等有关，会使患者出现鼻塞或者是清水样鼻涕、打喷嚏等症状，往往鼻黏膜会有水肿、分泌物过多等现象，可能会反流到喉咙，所以会有痰。

2.慢性咽喉炎。由于咽喉黏膜一直受到炎症的刺激，会使局部淋巴滤泡增生、黏膜变厚，分泌黏稠的液体出来。在早上起来的时候，就会发现喉咙里有痰，往往难以咳出。

3.鼻部疾病。得了鼻炎或鼻窦炎，会使患者流鼻涕，晚上睡觉的时候，鼻涕倒流至咽喉部，早上起来时会有痰液。