当脐尿管的囊肿体积较大，并且向腹腔内彭隆，可以导致囊肿压迫胃肠道，出现腹痛以及排便异常的情况，但是一般情况下，脐尿管囊肿不会影响肛门括约肌以及神经，所以也不会导致大便失禁。

较大体积的脐尿管囊肿，压迫胃肠道时可以影响胃肠道的蠕动，并且导致囊肿所压部位的胃肠道管腔狭窄，局部的大便排出受阻，从而导致出现腹部的疼痛，以及排便困难，如便秘等症状出现，对于此种类型的脐尿管囊肿，应尽早行手术治疗，切除囊肿。