早上醒来头痛多考虑可能是由于植物神经功能紊乱，导致睡觉时处于浅睡眠状态，致使大脑得不到足够的休息，容易在睡醒后使大脑处于疲劳状态，进而表现出头痛症状。

也可能是由于睡觉时间过久，特别是本身睡眠质量差，存在睡眠呼吸暂停综合征等，容易在睡眠时间过久的情况下导致大脑长时间乏氧，也会在睡醒后出现头痛症状。

此外，还可能与脑供血不足有关。如果睡觉时睡姿不当，尤其是本身存在颈椎间盘突出的人群，容易导致突出的椎间盘对颈部血管造成压迫，致使颈动脉供血不足进而使脑部供血、供氧不足，也可造成睡醒后头痛。