秋季早晨醒来头痛的原因，大致包括以下两个方面：

1.秋季气候的原因，昼夜温差较大，尤其是夜间温度相对较低。如果睡觉时没有适当增加盖被的厚度，或者没有及时调整室内温度等，就容易出现风寒感冒，表现出醒来头痛症状。建议及时调整室温，加强保暖护理。

2.室内空气过度干燥，导致夜间睡眠质量不好，大脑神经没有得到有效休息，功能发生紊乱，表现出早晨醒来头痛症状。

建议及时查找原因，尽快给予对症调理或者治疗。