肛门乳头状瘤会导致炎症，在肛门乳头状瘤的疾病基础上，可以逐渐促使肛窦炎、肛门腺炎、直肠炎、直肠息肉、肛裂等发生。

肛门乳头状瘤可以压迫周围直肠黏膜，肛门腺的排泄引起感染。病程后期肥大的肛乳头可随大便而脱出肛门外，很容易卡压在肛门处，引起局部充血水肿，局部磨损导致感染，引发剧烈疼痛。

同时肛门乳头状瘤可有炎性分泌物自肛门流出，可引起肛周皮肤感染和湿疹样改变，从而导致炎症发生。