肛瘘感染发炎后，一定要及早进行抗感染治疗，如口服抗生素或者是静脉滴注抗菌药物。

肛瘘本身就是一种感染性疾病，在其感染发炎后说明炎症进一步加重，如果不及时进行有效的治疗，很可能会成为新的肛周脓肿。患者会感到肛门周围疼痛不适，有时还可能伴有发热、畏寒等全身症状。

在肛瘘感染发炎后，取少部分坏死组织或脓液进行细菌培养，并进行药物敏感实验，这样才能有针对性的用药。而且要想完全根治肛瘘，最好进行手术治疗。