肥厚型心肌病的诊断要根据患者的病史以及体格检查，超声心动图提示左心室舒张期室间隔厚度达到15毫米，心脏磁共振显示心室壁局限性或者普遍性增厚，心肌片状强化，如果存在梗阻的话还可以见到左心室流出道狭窄、二尖瓣前叶收缩期前移。

有家族的阳性史有助于诊断。肥厚型心肌病的患者通过基因检查有助于明确遗传学的异常。要除外其他引起的心室肥厚的情况，包括高血压性心脏病、主动脉瓣狭窄以及运动员心脏肥厚、心肌淀粉样变、糖原贮积症等。