腹腔感染也会导致肠瘘。例如腹腔脓肿或者肠壁脓肿，当脓肿局部破溃时，就有可能会引发肠瘘。

而结肠以及小肠的炎症性肠病也会导致肠瘘。小肠克隆恩病，其会导致小肠壁全层发生炎症性改变，反复发作就有可能会引发肠瘘。而溃疡性结肠炎会导致结肠出现黏膜下脓肿，而当感染严重时，脓肿破溃也会导致结肠肠瘘的发生。

但在临床上引发肠瘘的常见原因，仍然是手术以及外伤，另外，还包括肠道异物、放射性损伤等。