高位肛瘘需要分两次手术，有以下两种原因比较常见：

第一，肛瘘瘘管的走形比较复杂，如果将外周的瘘管一次性切开，有可能会造成肛门畸形而永久性的影响肛门功能，所以，第一次手术时先将复杂走形的瘘管变得单纯，再择期行第二次手术尽量减少并发症。

第二，对于一些高位复杂性的肛瘘，如果一次性处理了所有的瘘管或者内口，会对肛门功能造成非常大的影响，甚至造成患者出现肛门失禁，所以，需要分次手术以降低肛门失禁的概率。