眼部扁平疣最好的治疗方法是使用激光。通过激光产生的高强度光束来切除扁平疣，不仅不会留疤，而且复发的可能性很低，恢复也很快，不会影响患者的日常生活。

其次，可以通过提高人体的免疫力，例如使用转移因子、干扰素等。通过这种间接性的治疗，虽然不能直接地消灭扁平疣中的病毒，但是可以辅助治疗，使治疗效果更理想，治愈率更高。

另外，也可以选择冷冻治疗，通过液氮这种极度冷冻的方法将扁平疣内的细胞迅速杀死以达到治疗的效果。治疗后患者要注意保护伤口，避免感染。生活中，患者一定要注意个人卫生，勤洗手，不要用脏手接触眼睛。