B超能检查出肛周脓肿，浅部的肛周脓肿会在肛周发现一肿块，伴有红、肿、热、痛，根据临床症状或诊断性穿刺抽脓，容易诊断。配合B超检查，可显示脓肿处有液性暗区。

如果是深部肛周脓肿，肛周皮肤表面无肿块，无红肿、热痛的表现，往往会伴有发热、肛门坠痛，诊断要做B超检查，显示出脓肿的位置、大小和深度。

有的肛周脓肿经过普通B超诊断也困难，需要做直肠腔内超声检查，必要时做核磁共振检查。