睡眠呼吸暂停综合征的危害众多，特别是那些中度和重度的患者。

患者的白天症状和夜间症状可以影响患者睡眠质量差，而且可以导致其生活质量和工作效率下降，例如患者晚间可能出现憋醒、夜尿增多、睡眠质量下降，部分患者白天还可以出现嗜睡、全身乏力、记忆力减退等现象，长期以往还可以导致全身器官的功能损害。部分患者可能出现夜间心绞痛、心律失常、心肌梗塞等，还有可能诱发猝死。此外，患者的心脑血管疾病也明显的增加，部分患者还可以出现继发性的高血压、肺动脉高压等情况。

故针对呼吸睡眠暂停综合征的危害，要早期予以相应处理，严重患者需要无创呼吸机辅助睡眠以及相应的手术等综合治疗。