做小肠镜基本没有痛苦的，做之前12个小时需要清空肠道，否则做肠镜的时候就会看不清楚，做小肠镜需要患者在麻醉状态下进行，患者处于睡眠状态或者清醒镇静的状态下进行小肠镜操作，患者不会有痛苦的感觉。小肠属于中消化道，长约7-8米，盘踞于腹部中央。小肠镜检查操作难度相对于胃镜、肠镜来说比较大，操作时间也比较长，一般情况下完整小肠镜需要经口进镜完成上段小肠的检查，经肛进镜完成下段小肠的检查，达到对接完成全小肠的检查，操作难度是比较大的。但患者不会有痛苦的感觉。如果有必要，可以取局部组织做病理活检。