两个月的宝宝晚上咳嗽，可能存在呼吸道感染，也可能存在过敏，需要明确病因，进行不同的处理。

宝宝如果受到病原微生物感染导致了呼吸道炎症，在平卧的状态下，容易受到分泌物的刺激导致咳嗽加重。可以进行抗炎治疗，比如选择阿莫西林，还可以选择止咳糖浆缓解咳嗽的症状。

如果宝宝属于容易过敏的体质，在晚上睡觉时容易受到被褥或者是枕头的影响引起咳嗽的症状，可以选择盐酸西替利嗪。谨慎使用镇咳药，因为咳嗽、咳痰症状同时存在，咳嗽属于保护性反射，能够促进痰液排出。