巧克力囊肿治疗原则是，一旦发现而且囊肿呈生长趋势，建议行腹腔镜检查加切除术。

但是还是要综合评估，巧克力囊肿患者的病情。需具备巧克力囊肿直径大于四公分，同时存在不孕的现象，以及有严重的痛经，多种药物治疗痛经不能好转。会选择腹腔镜治疗，切除病灶的同时改善症状，术后尽快怀孕。

必要时可以借助辅助生殖技术怀孕。因为术后有一定的复发几率，相关数据统计可达10%的复发率。所以，术后如果没有生育需求，也要辅助药物治疗。