一般情况矮小症不会影响孩子的聪明程度。引起矮小症的病因很复杂，仅少部分是由于脑发育迟缓、染色体异变、代谢性疾病、遗传性疾病等引起的矮小，可同时出现智力低下、不聪明。

代谢性疾病中有部分如能早期发现、早期治疗，则可避免矮小和智力落后，如甲状腺功能减低症。

目前就诊的矮小症患儿，大多数孩子属于特发性矮小或者是因为生长激素分泌不足或缺乏导致的矮小症。这种情况的孩子，其智力完全正常，包括学习、生活、运动、心理发育等均与正常孩子相似，不会受矮小症的影响。