近亲结婚生的孩子有可能发生矮小症。

因为近亲结婚生的孩子患有先天性疾病的概率很大，发生畸形的概率也会增加，当疾病或畸形影响患儿发育，有可能就会造成矮小症的情况。

近亲结婚的夫妇有很大概率具有同一基因，如果该基因有常染色体隐性遗传的特点，近亲结婚的夫妻所生育的孩子就会患病，例如先天性心脏病、苯丙酮尿症、白化病等，这些疾病会极大的影响孩子的健康，容易出现发育迟缓、营养不良的情况，进而影响身高增高，甚至出现矮小症的情况。