怀孕初期咳嗽是否会导致胎儿畸形需要根据具体情况而定。

在怀孕初期孕妇如果由于病毒感染引起病毒性感冒，导致咳嗽等症状有可能会导致胎儿发育畸形，因为在怀孕初期是胎儿各器官发育比较关键的时期，如果发生病毒感染会影响胎儿各器官发育，导致发育畸形。

所以怀孕初期孕妇出现病毒性感冒、咳嗽等症状，如果打算留下孩子，需要遵医嘱定期做产检，特别在怀孕中期，需要及时做四维彩超和唐氏筛查检查，确诊胎儿是否有发育异常等情况。