慢性肾盂肾炎的临床过程反复、迁延进展。延误诊断及治疗不恰当会最终导致终末期肾衰竭。故一旦诊断明确，应积极控制感染，缓解症状，并尽可能纠正和去除患者存在的泌尿系统功能和解剖异常。慢性肾盂肾炎患者，需要适当休息，增加营养，提高机体防御能力。做到多饮水、勤排尿，以降低髓质渗透压，提高机体吞噬细菌的能力，并冲刷膀胱内的细菌，以减轻排尿不适症状。

如果膀胱刺激症明显可给予碳酸氢钠口服，以碱化尿液，缓解症状。并且需要认真寻找复杂原因，积极去除反流、结石、梗阻、畸形等功能或解剖病因。对有严重膀胱输尿管反流的患者需要选择外科治疗，以纠正尿液反流，定期排空膀胱，二次排尿，必要时可给予长程小剂量抑菌治疗。对于慢性肾盂肾炎急性发作的患者，需要根据急性肾盂肾炎的原则进行处理。

对于反复发作，治疗前需要通过尿细菌培养确定病原菌，明确复发或再感染。并且根据病情、尿细菌培养和药敏结果，选择最有效且毒性小的抗生素。此外，还需要保护肾功能。

对于晚期已经出现慢性肾衰竭的患者，需要给予低蛋白饮食、控制高血压、纠正酸中毒以及使用ACEI/ARB药物延缓肾功能受损的措施。禁用有肾脏毒性的药物。