停经45天未见孕囊的原因有月经不调、宫外孕、流产等。

1.月经不调。多考虑是由于女性平时月经不规律，或早或晚，虽然停经45天，但孕期较短，不太容易看出。

2.宫外孕。由于正常孕囊是在子宫内的，如果孕囊停留在宫颈残角、输卵管、腹腔时，子宫内是不见孕囊的。

3.流产。这可能是患者在孕前期由于各种原因导致孕囊停止生长，出现阴道少量流血，但因为量少，患者没有引起注意。但机体雌孕激素出现紊乱，子宫内膜发育时间延长，也会表现为上述症状。