十二指肠结核临床症状没有特异性。表现的症状和普通结核有很多相似的地方，可以表现为上腹部恶心呕吐、腹胀、低热、盗汗、厌食、消瘦、乏力等结核中毒症状，有部分患者可表现为肠梗阻，而引起腹痛和呕吐以及消化道出血的症状。十二指肠结核的患者可有上腹部压痛、腹部包块以及淋巴结肿大的现象。如果结核部位发生在十二指肠降部，可引起皮肤部和胆管、胰管的梗阻而形成黄疸和大便陶土样的肠道梗阻的症状。