十二指肠结核的治疗分为一般治疗和抗结核治疗。

一般治疗就是患者需卧床休息，给予高热量、高蛋白、高维生素饮食，纠正营养不良。腹泻及摄入不足者，补液、补钾可预防电解质紊乱；十二指肠功能不全梗阻者可采用胃肠减压缓解症状。

抗结核治疗常采用短期治疗，一般异烟肼和利福平联合使用，疗程6-9个月。如果十二指肠结核是继发性的，患者过去曾因结核病或其他部位结核病而服用抗结核药物治疗，结核病对一线药物产生了一定的耐药性。此时，应考虑二线药物，注意充分用药。