结缔组织性肠炎是继发性疾病，属于全身性结缔组织病，表现在肠道的病变，可选择药物保守性的治疗和手术治疗两种方式。

药物治疗主要是以减轻结缔组织病的发展速度、抑制免疫为主，例如常用的甲泼尼龙、强的松等。硬皮病导致的肠炎，应当及时的应用抗生素进行治疗，选择抗生素的标准主要依据大便培养的结果。

由于结缔组织性的疾病长期的发展，可以造成严重的并发症，例如肠穿孔等，必要的时候可进行手术治疗，迅速的改善患者生命危急的情况。