结缔组织性肠炎的治疗原则是应该以抗生素和糖皮质激素为主治疗，如果伴随肠穿孔等并发症的时候需要及时的手术。药物治疗方法有很多：

一、硬皮病患者。使用抗生素抑制细菌在腹腔内繁殖，可使粪便特有的脂肪和维生素B12吸收障碍在几天内恢复正常。

二、系统性红斑狼疮。皮质类固醇和硫唑嘌呤是主要药物。

三、结节性多动脉炎。强的松可以缓解胃肠道症状，如无明显肠出血，可加抗凝剂。如果出现大面积肠出血或穿孔者应尽快手术治疗。