生殖器部位发生水泡，较为常见的疾病原因是二型疱疹病毒感染导致的组织液渗出，或者是炎性分泌物积聚所致。常发生于不洁性行为后，由于该病毒常通过无保护性行为被感染。

生殖器部位小水泡的另一常见原因是进食，或者是接触环境中某种敏感物质导致的过敏反应。有个体进食海鲜、芒果等食材后生殖器部位发生小水泡。

由于卫生护理不好，致病菌在生殖器部位滋生繁殖，局部皮肤感染后炎性分泌物积聚，也可出现水泡样外观，可结合性行为史，伴随症状，辅助病毒抗原、过敏原检查。