生殖器出现小水疱需根据具体病原体选择治疗方法。

1.当生殖器感染真菌时可出现小水疱。水疱较小可以分布在龟头表面，伴随有白色分泌物。此时需要行病原体涂片检查，也可外用酮康唑软膏治疗。

2.单纯疱疹病毒可使生殖器分布小水疱，水疱壁薄，破裂后可出现糜烂并伴随有疼痛感。此时需要应用阿昔洛韦软膏治疗。

3.局部的过度摩擦和刺激也可出现张力性水疱。这些水疱为单发，体积较大。此时避免相关刺激，水疱可能会自行消失。