肝内胆管结石的手术风险与患者的实际病情和结石的大小、数量、位置以及并发症等密切相关，手术方式的选择，对患者预后恢复均有一定的影响。

目前对于肝内胆管结石而言，最常见的手术方式是胆管切开取石术，但是如果结石的位置较深，数量较多，很有可能需要将周围的肝脏组织一并切除。如果辅助检查发现肝脏的功能损害严重，就可能需要进行肝移植，手术的风险也会很大。

除此之外，患者如果合并高血压、糖尿病、脑血管疾病等，手术中引起相应并发症的几率就会提高，手术风险也会增大。