阴茎皮下长小肉疙瘩，考虑是否感染了尖锐湿疣病毒，或是毛囊炎等炎症引起。

尖锐湿疣是由于不洁性生活或者使用了公共物品，感染了HPV引起的，最开始是发白的小点，逐渐变成疣状的小疙瘩，没有什么不舒服感觉，当摩擦感染后可能会有疼痛。如果是毛囊炎等炎症感染，小疙瘩会有疼痛、发红的症状。

如果不清楚是什么原因，最好到医院皮肤科或者泌尿外科就诊、检查，然后采取相应的治疗。平时需要注意会阴部清洁、卫生、洁身自好。