肌肉萎缩的常见并发症包括骨折、吸入性肺炎、呼吸困难、呼吸衰竭。

如果肌肉萎缩表现为四肢肌无力，也可能在日常活动中如蹲起、上下楼时力量不足、容易发生跌倒、摔伤致骨折。因此患者行走时，尽量有家人陪护，并且使用护具防止发生骨折。日常应该循序渐进逐渐锻炼四肢肌肉，延缓肌肉萎缩的速度，可适当提升肌力。

不过肌肉萎缩发生在咽喉肌出现吞咽困难，更容易发生吸入性肺炎，严重时窒息、呼吸困难、呼吸衰竭。呼吸肌无力患者日常可以通过吹气球训练呼吸肌的力量，日常进食时要缓慢，避免食物吸入肺部。