眼肌麻痹性偏头痛的疼痛部位多在单侧额顶部、额颞部或额眶部。常为阵发性、搏动性痛或跳痛，可伴有恶心、呕吐。

眼睛麻痹的症状有眼睑下垂，眼球偏向外下方，眼球向上、下、内方向的运动明显受限，伴有瞳孔散大。

本病临床中并不多见，可反复发作，临床各项检查无明显的器质性病变。发病时具有偏头痛的相关特点以及眼睛麻痹的体征，结合上述几条，可以诊断为眼睛麻痹性偏头痛。