卵巢囊肿肯定会影响排卵功能的。当出现卵巢囊肿时这个时候，即便卵巢有排卵，卵子也无法排出，这种情况，是影响生育的。

女性卵巢左右各一个，如果一侧有卵巢囊肿，另一侧正常，这种情况想要备孕，也可以通过另一侧正常的卵巢来进行备孕。如果双侧卵巢都有囊肿，这种情况会影响生育，会出现不排卵，治疗需要根据病情。如果有生育要求，建议做手术治疗，手术将囊肿摘除后，这种情况会出现正常的排卵。

所以，当出现卵巢囊肿，一定到医院根据情况积极治疗，如果有恶变倾向，无论卵巢囊肿大小，都是要通过手术的方式进行治疗。如果是良性的卵巢囊肿，必须根据病情选择相应的治疗方法进行治疗。