1.对于男性生殖器畸形，大多数是由于先天因素所致，也就是说，在胚胎发育形成时期还在孕妇的子宫内，那么就可能由于外界因素或者基因病变引起外生殖器畸形，因此并没有特殊良好的预防方案，只能进行定期的产前检查，必要时进行基因检测，如果发现有生殖器畸形或者身体其他包括心血管畸形，可以进行及时的流产手术。

2.而对于已经分娩的小儿，如果出现生殖器畸形，若症状轻微，如轻度尿道下裂，可以进行手术治疗，并没有很好的预防治疗药物。而如果是隐睾，在小儿1岁以内可以进行绒毛膜促性腺激素的注射治疗，可能会在小儿生长发育过程当中睾丸自由下降到阴囊内，如果进行药物保守治疗无效，可以进行手术隐睾下降固定。