目前，小儿高免疫球蛋白E综合征病因及发病机制还不明确，所以关于这种疾病的治疗还没有根治的有效方法，以经验治疗为主。

本病与自身免疫有关，需要积极的免疫干预治疗，比如可以使用免疫调节剂左旋咪唑。同时， 本病易发生严重感染等严重并发症，可以使用二氯苯甲恶唑青霉素预防金黄色葡萄球菌感染，严重感染者可以静脉注射丙种球蛋白。

血浆置换是治疗该病感染的有效方法，根据病情，在头10天内进行5次，每周1次。