治疗高免疫球蛋白E综合征，主要是包括药物治疗、手术治疗以及其他的一些对症治疗等。

一般如果合并有感染需要应用抗感染药物积极的治疗，也要针对患者病情应用免疫抑制、免疫调节等的治疗。有条件者可做骨髓移植的治疗，常用的药物包括抗感染的药物，对于控制慢性肉芽肿病感染有一定的效果。

另外，针对患者出现的系统缺陷引起的反复感染，可以应用新鲜血浆进行纠正，必要时应用免疫球蛋白进行调理。另外，也可以适当应用白细胞介素2，可以起到一定的效果。