肾皮质脓肿多是继发于身体内其他部位的细菌感染，细菌经血行侵入到肾皮质定植，最终出现肾皮质的严重化脓性感染，如肺部感染、皮肤疖、痈、脓肿、感染的伤口等.

另外还与外伤或者肾结石有关系，当患者肾损伤出血，未能及时吸收或者合并糖尿病等疾病时，因血液是细菌的良好培养基，导致细菌生长繁殖形成肾脓肿。

此外，与梗阻、结石、妊娠、神经源性膀胱和糖尿病相关的复杂性尿路感染，也较容易发生肾脓肿。