肾皮质髓质脓肿大多继发于自身其他部位的细菌感染，当细菌进入血液并经血行侵入到肾脏定植，最终出现肾皮质髓质的严重的化脓性感染，如肺部感染、皮肤疖、痈、脓肿、感染的伤口等。

另外还与外伤或者肾结石有关系，当患者肾损伤出血未能及时吸收或者合并糖尿病等疾病的时候，因血液是细菌的良好培养基，导致细菌生长繁殖，形成肾脓肿。此外，与梗阻、结石、妊娠、神经源性膀胱和糖尿病相关的复杂性尿路感染也较容易发生肾脓肿。