想要良好的区分咽喉痛和扁桃体发炎两种情况，通常需要进行系统的检查。

首先，在进行临床检查时，通常可以观察到有充血以及水肿等异常表现的部位。如果是扁桃体部位出现了上述异常，就考虑扁桃体发炎的几率较大。但如果是咽喉部位出现了上述异常，就考虑可能是咽喉炎等疾病引发的咽喉疼痛的几率较大。

其次，还可以遵医嘱进行咽喉镜等检查，通过这种方式可以非常清晰地观察到发病的部位，明确具体出现疼痛以及发炎症状的区域，是发生在扁桃体或咽喉等位置。