小肚子时不时痛有以下几方面原因：

1.阵发性肠痉挛。肠道在蠕动的过程中，如果出现不协调的现象，就会引起阵发性肠痉挛，导致时不时疼痛。比如受凉、吃了过多油腻食物、排便不顺畅等，但是多数可以自行缓解。如果疼痛持续加重，也要警惕可能有肠套叠、肠梗阻的可能性。

2.生殖系统疾病引起。患有生殖系统炎症或者肿瘤等，也会引起小肚子时不时疼痛。如果是女性，可能会出现白带异常。如果是男性，可能会造成精液异常等。

3.泌尿系统疾病导致。泌尿系统结石、恶性病变等，也会使患者出现阵发性小腹痛。有时还会有肉眼血尿、排尿困难等，需要及时明确后进行治疗。