目前临床上对于胆总管结石的治疗方案很多，但需要根据患者的实际病情和辅助检查结果而定。目前临床上采用最多的治疗方案是手术，以腹腔镜下胆管切开取石术为主，它具有创伤小、视野清晰、恢复快的优点。

除此之外，随着科技的发展，ERCP等内镜治疗技术也被越来越广泛的运用到临床实践中，对手术耐受力较差、或结石数量较少、位置较低的患者而言，具有极佳的治疗效果。

除此之外，一部分胆固醇结石，可以溶石治疗，比如中医上服用鸡内金，配合针灸理疗电磁波等；西医推荐口服熊去氧胆酸的进行排石，部分治疗效果也很好。