功能性下丘脑性闭经除治疗相应的原发病因外，根据患者体内雌激素水平和是否有生育要求，采用以下的治疗：

有生育要求者应积极诱发排卵。可以用氯米芬常用于多囊卵巢综合征和体内有一定雌激素水平的，某些下丘脑性闭经也可以用尿促性素，几乎可用于所有下丘脑性闭经。溴隐亭治疗高泌乳素血症引起的闭经，该药是一种多巴胺促效剂 ，作用于下丘脑，激活泌乳素抑制因子，抑制垂体分泌泌乳素使血中的催乳素水平下降，服药期间监测基础体温、监测排卵。

对于没有生育要求的，雌激素水平低下的下丘脑性闭经，其治疗以性激素补充为主。未婚者待婚者需要生育时，在酌情选择上述诱导排卵治疗。