做肠镜过程中，如果比较顺利，不会留下后遗症；但如果不顺利，进镜过程很困难，容易导致肠镜将肠管戳破，留下消化道穿孔的后遗症。

所以在行肠镜检查时，操作者要注意保持进镜速度缓慢、轻柔，不能暴力进镜。遇到不能通过的肠管时，要先退镜观察，寻找到合适的角度再继续进镜。检查过程中还要寻注意询问患者的感受，如患者感剧烈疼痛时，要立即停止检查，在患者恢复正常后再继续进镜。

检查后也要注意观察患者有无腹痛及便血的情况。