习惯性流产的病因之一是染色体异常和基因缺陷，多发生于早期流产的孕妇。其他的习惯性流产的病因还有以下几种：

女性生殖系统结构异常如子宫畸形，各种子宫疾病如子宫内黏膜下肌瘤、子宫内膜息肉和宫腔黏连等。一些病原体感染如泌尿生殖道支原体、沙眼衣原体、巨细胞病毒和弓形虫，都有可能造成习惯性流产。

习惯性流产的危险因素有高龄产妇，既往有多发自然流产史，孕妇吸烟或者接触二手烟，过量饮酒和饮用咖啡，滥用药物如毒品、肥胖等。