有些习惯性流产是因为子宫畸形导致的，但也并不是所有的子宫畸形都可以发生习惯性流产。

如果女性有子宫纵隔，双角子宫、单角子宫、子宫发育不良等都可以影响胚胎着床发育而导致发生流产，但也有的女性有子宫纵隔，但最后出生的宝宝正常。习惯性流产的原因，有时候是因为胚胎染色体发育有问题，也有的是因为母体甲状腺功能异常、黄体功能不全、免疫功能异常导致的。

而晚期的习惯性流产发生原因可能是子宫解剖异常造成的子宫畸形导致的，另外宫颈机能不全也会导致出现晚期的习惯性流产。